Kif San Franġisk ta' Assisi kien imxandar b'Qaddis tal-Knisja, nhar is-16 ta' Lulju 1228, il-Papa Girgor IX ried li f'ġieħ il-Missier Serafiku timbena knisja mill-isbaħ fil-Belt ta' Assisi. F'din il-Knisja l-Papa ried li jinżamm il-ġisem ta' San Franġisk. Kien dan l-istess Papa li bierek l-ewwel ġebla tat-tempju, u kien hu wkoll li fis-sena 1230 amar li l-ġisem tal-Qaddis jinġarr mill-knisja ta' San Ġorġ lejn il-Bażilika il-ġdida. Minħabba l-preżenza tal-ġisem tal-Fundatur tal-Minuri fiha, din il-Knisja minnufih kisbet it-titlu ta' Ras u Omm tal-Ordni Franġiskan kollu. Fis-sena 1253 il-Papa Innoċenz IV kkonsagra il-Bażilika, waqt li fl-1754 il-Papa Benedittu XIV għoġbu jaħtarha Bażilika Patrijarkali u Kappella Papali, illum tissejjaħ Bażilika Papapli, titlu li jgawduh biss il-Bażiliċi il-kbar ta' Ruma.
Bhalissa fis-Sacro Convento, qed isir il-Kapitlu Generali tal-Patrijiet Minuri Konventwali. Is-Sibt, 25 ta' Mejju ser jigi maghzul il-Ministru General il-gdid tal-patrijiet Minuri Konventwali, il-120 successur ta' San Frangisk.